Το χωριό υπήρχε κατά τα Μεσαιωνικά χρόνια με την ίδια ονομασία. Σε παλαιότερους χάρτες βρίσκεται σημειωμένο ως Tracori. Ο Ντε Μας Λατρί αναφέρει το χωριό ως φέουδο που ανήκε στο τάγμα των Ναϊτών ιπποτών κατά τον 13ον αιώνα. Όμως μετά τη διάλυση του τάγματος αυτού, στις αρχές του 14ου αιώνα, το Τραχώνι, όπως και τα άλλα χωριά των Ναϊτών, περιήλθε στην κατοχή των Ιωαννιτών ιπποτών. Η ονομασία του χωριού, πάντως, φανερώνει ότι τούτο είναι αρχαιότερο του Φράγκικου Μεσαίωνα, πιθανότατα ιδρυμένο κατά τα Βυζαντινά χρόνια.Η ονομασία του χωριού, προήλθε από την αρχαία ελληνική λέξη "τραχών", που σήμαινε τραχύ και πετρώδες έδαφος όπως λέγει και ο Στράβωνας. Ακόμα τοποθεσίες με την ονομασία Τραχώνι και Τράχωνας υπάρχουν πολλές στην Κύπρο. Ωστόσο οι Τουρκοκύπριοι κάτοικοι του χωριού το ονόμαζαν Kaykale που σημαίνει πέτρινο οχυρό.

Σε περιοχή του χωριού και συγκεκριμένα στο λόφο Βούναρο στα δυτικά του, βρέθηκαν αρχαία αντικείμενα που αποδεικνύουν ότι υπήρχε εκεί προϊστορικός οικισμός της Νεολιθικής ή και της Χαλκολιθικής περιόδου. 

Διοικητικά.

Α. Τοποθεσία.
Μεικτό χωριό της επαρχίας Λεμεσού, στη χερσόνησο του Ακρωτηρίου περί τα 8 χιλιόμετρα νοτιοδυτικά της πόλης της  Λεμεσού. Μεγάλος μέρος της διοικητικής του έκτασης περιλαμβάνεται στο έδαφος της βρετανικής στρατιωτικής βάσης  Ακρωτηρίου - Επισκοπής. Νότια συνδέεται με το χωριό Ασώματος.

Β. Υψόμετρο.
Το Τραχώνι είναι κτισμένο σε μέσο υψόμετρο 20 μέτρων. Το ανάγλυφο στην περιοχή είναι καμπίσιο με μια μικρή κλίση από τα βόρεια προς τα νότια. Το ψηλότερο σημείο του είναι ο λόφος Βούναρος (52 μέτρα), στα δυτικά του οικισμού.

Γ. Βροχόπτωση.
Το Τραχώνι δέχεται μια μέση ετήσια βροχόπτωση περί τα 420 χιλιοστόμετρα. Στην περιοχή  αλλιεργούνται εσπεριδοειδή, ελιές αμπέλια (επιτραπέζιες και οινοποιήσιμες ποικιλίες), λαχανικά, σιτηρά, νομευτικά φυτά, φρουτόδεντρα (κυρίως συκιές) και λίγες χαρουπιές.

Δ. Έδαφος.
Από γεωλογικής άποψης, στη διοικητική έκταση του χωριού κυριαρχούν οι αποθέσεις του σχηματισμού Αθαλάσσας (ασβεστολιθικοί ψαμμίτες και άμμοι) και οι πρόσφατες αλλουβιανές
αποθέσεις της Ολάαινης γεωλογικής περιόδου. Πάνω στα πετρώματα αυτά αναπτύχθηκαν εδάφη τέρρα ρόλα, καφκάλλες και προσχωσιγενή.

Πληθυσμιακή κατάσταση από το 1881 - 1982.

Το χωριό γνώρισε πληθυσμιακές αυξομειώσεις.

Μετά το 1964, εξαιτίας των διακοινοτικών ταραχών που ακολούθησαν την Τουρκοκυπριακή ανταρσία, οι περισσότεροι Τουρκοκύπριοι κάτοικοι του Τραχωνιού εγκατέλειψαν το χωριό τους και μετακινήθηκαν σε γειτονικά αμιγή τουρκοκυπριακά και μεικτά χωριά, στο πλαίσιο οδηγιών της Άγκυρας για δημιουργία στην Κύπρο ισχυρών Τουρκοκυπριακών θυλάκων. Το 1973 οι κάτοικοι του χωριού ήταν 531 (510 Ελληνοκύπριοι και 21 Τουρκοκύπριοι). Μετά την Τουρκική εισβολή του 1974 οι εναπομείναντες Τουρκοκύπριοι κάτοικοι του Τραχωνιού εξαναγκάστηκαν από την ηγεσία τους να εγκαταλείψουν το χωριό τους και να μεταφερθούν, μαζί με όλους τους άλλους Τουρκοκύπριους των ελεύθερων περιοχών, για εγκατάσταση στις κατεχόμενες περιοχές. Η μεταφορά τους έγινε το 1975. Το 1976 οι κάτοικοι του Τραχωνιού (όλοι Ελληνοκύπριοι) ανέρχονταν στους 609. Στη συνέχεις το χωριό δέχτηκε ένα πολύ μεγάλο αριθμό Ελληνοκυπρίων εκτοπισμένων. Στην περιοχή δημιουργήθηκαν συνοικισμοί αυτοστέγασης εκτοπισμένων σε 4 περιοχές με σύνολο 543 οικοπέδων. Το 1982 οι κάτοικοι του χωριού, μαζί με τους εκτοπισμένους που εγκαταστάθηκαν στην περιοχή ανέρχονταν στους 1766. Με βάση την επίσημα απογραφή πληθυσμού του 1982, το Τραχώνι ήταν ο δέκατος σε πληθυσμό οικισμός της επαρχίας Λεμεσού.